Szczyrk był jedną z wielu wsi należących do parafii p.w. św. Szymona i Judy Tadeusza w Łodygowicach. Dla upowszechnienia wiary katolickiej. Oo. Jezuici zorganizowali tutaj w 1730 r. pierwszą, kilkudniową misję ewangelizacyjną, Jej pamiątką jest drewniany krzyż znajdujący się za ołtarzem w kaplicy u Walczaków.

Miejscowe warunki sprzyjały osadnictwu napływowej ludności tak, że w wieku XVIII liczba mieszkańców wzrosła do około dwóch tysięcy. Ilość ta wystarczała, by starać się o założenie własnej kapelanii. Wskutek zawirowań historycznych Szczyrk znalazł się w granicach zaboru austriackiego. Stąd Dekret o erygowaniu parafii wydano na dworze cesarskim w Wiedniu 14 kwietnia 1787 r. Potwierdziła go następnie strona kościelna reprezentowana przez biskupa tarnowskiego. Od 1783 r. Tarnów był stolicą diecezji obejmującej tereny południowo-zachodniej Galicji, na terenie której leżała parafii Szczyrk. Była częścią dekanatu żywieckiego. Nie istniał wówczas ani kościół, ani mieszkanie dla kapelana. Próbowano więc odkupić od gromady Wilkowickiej drewnianą, Mikuszowicką kaplicę. Plany te jednak nie powiodły się. Dlatego z początkiem 1797 r. przystąpiono do budowy świątyni i zaplecza mieszkalnego. Prace ukończono w 1800 r. i tę datę przyjmuje się jako właściwą powstania parafii. Św. Jakub Apostoł został patronem nowej wspólnoty, a jej pierwszym proboszczem Ks. Wojciech Radoński.

Kościół jest wyposażony w stylu późnobarokowym, w większości w zabytki pochodzące z nowosądeckiego klasztoru norbertanów. Posiada trzy ołtarze. W ołtarzu głównym znajdują się trzy figury: pośrodku św. Jakuba Apostoła, z boku po lewej stronie św. Piotra, zaś po stronie prawej św. Stanisława Kostki. Poza prezbiterium istnieją jeszcze dwa ołtarze boczne. Po stronie lewej ołtarz Serca Jezusowego z figurą wykonaną z gipsu, po prawej stronie ołtarz z obrazem św. Jana Nepomucena - drugiego patrona parafii - pochodzący z pierwszej połowy XVII wieku. Po otrzymaniu w roku 1814 zezwolenia na odprawianie nabożeństwa drogi Krzyżowej umieszczono w kościele 14 barokowych obrazów malowanych na płótnie, przedstawiających mękę Jezusa.

Na chórze organy. Po lewej stronie prezbiterium widnieje późnobarokowa ambona, u jej dołu postacie czterech Ewangelistów a z tyłu za nimi ich symbole. Nad amboną baldachim, a pod nim płaskorzeźba przedstawiająca św. Ambrożego z płonącym sercem w ręku. Obok ołtarza głównego po stronie lewej zachowała się kamienna chrzcielnica z 1800 r. Z tego samego okresu pochodzą trzy kamienne kropielnice. Na wieży znajduje się dzwon z 1691 r. a po zewnętrznej, wschodniej stronie kościoła krzyż rokokowy z 1797 r. Do roku 1848 zmarłych grzebano przy świątyni.

Udokumentowana tradycja ludowa podaje, że dnia 25 lipca 1894 r. przez kilka miesięcy ukazywała się Matka Najświętsza dwunastoletniej dziewczynce, Julianie Pezda, na tak zwanej 'Przykrej Kępce' w Szczyrku. Widzenia miały również jej dwie młodsze koleżanki. Od tej chwili trwa nieustannie kult Matki Bożej, a w miejscu objawienia znajduje się wybudowane w latach 1948-1953, Sanktuarium NMP królowej Polski, którym od ponad 60 lat opiekują się Salezjanie. W okresie międzywojennym następuje ożywiony rozwój parafii. W 1935 r. oddano do użytku Dom Katolicki. Poczyniono wiele nowych inwestycji, odrestaurowano i zelektryfikowano wnętrze kościoła, uporządkowano jego otoczenie. Zawiązały się liczne stowarzyszenia religijne jak Akcja Katolicka, Katolickie Stowarzyszenie Młodzieży, Bractwo Wiecznego Różańca, Apostolstwo Modlitwy itp. W 1939 r. parafię Szczyrbowską włączono do III Rzeszy. Od początku okupacji hitlerowskiej Kościół tutejszy był dyskryminowany i prześladowany. Wielu parafian znalazło się na przymusowych robotach i zostało straconych w obozach koncentracyjnych.

Dopiero po drugiej wojnie światowej życie religijne wraca do normalności, choć napiętnowane przez nową komunistyczną władzę. Mimo trudności udaje się wybudować kaplicę Najświętszego Serca Pana Jezusa, służącą mieszkańcom Górnego Szczyrku oraz przeprowadzić najpilniejsze prace w kościele macierzystym.

Na zawsze w historię parafii wpisał się Ks. Józef Marek, który w latach 1973-1978 był biskupem pomocniczym archidiecezji wrocławskiej. W ostatnim trzydziestoleciu poczyniono starania o pozwolenie na budowę nowego kościoła, uwieńczone sukcesem na początku lat osiemdziesiątych. W lipcu 1983 r. poświęcono plac pod przyszłą świątynię p.w. Świętych Apostołów Piotra i Pawła i rozpoczęto prace.

W 1998 r. parafia wraz z całą diecezją przeżywała peregrynację Kopii Obrazu Matki Boskiej Częstochowskiej. Jako dar parafian dla uczczenia tego faktu udostępniono do sprawowania kultu bożego kaplicę w nowo budowanym kościele. 29 czerwca 1999 r. Ks. Bp. Tadeusz Rakoczy dokonał wmurowania kamienia węgielnego poświęconego przez Ojca Świętego w 1991 r.